Обострение взаимоотношений между Чехией и РФ после открывшихся новых обстоятельств взрыва в Врбетице отразились на совместных проектах. Прага отказалась размещать на территории страны наземные комплексы ГЛОНАСС. С просьбой об установке переоборудованных модификаций навигатора власти РФ обратились к нескольким странам: Чехии, Латвии, Дании, Эстонии, Ирландии и другим. По данным чешского издания Respekt, после ознакомления с запросом, чешские спецслужбы ответили отказом. Они мотивировали это наличием в системе «скрытого механизма, действующего исключительно в интересах российских вооруженных сил».
По данным европейских спецслужб, в таком виде система параллельно может собирать информацию о расположении ядерного потенциала стран, сканировать пути следования кораблей Североатлантического блока. Министр Транспорта Чехии заметил, комментируя отказ, что на запросы о целевом предназначении навигационного комплекса и его конструктивных особенностей ответа не последовало. Кроме того, Чехия, являясь членом ЕС, в логистике ориентируется на европейскую навигационную систему Galileo.
Вслед за Чехией в установке комплекса на своей территории отказала и Литва. Обосновывая отказ, государственные служащие Литвы предупредили соседей, что с помощью этой системы РФ получает информационный контроль над перемещением грузов между Россией, Казахстаном, Китаем, Беларусью и ЕС. В Литве опасаются, что ГЛОНАСС будет добывать важные сведения для российской армии.